Sonic har slått seg ned i Green Hills og ivrer etter å bevise at han har det som trengs for å være en ekte helt. Muligheten byr seg når Dr. Robotnik dukker opp igjen med sin nye partner, Knuckles, i jakten på en smaragd med krefter som kan ødelegge sivilisasjoner. Sonic får sin egen medspiller i Tails, og sammen legger de ut på en verdensomspennende reise for å finne edelsteinen før den havner i feil hender.