Paddingtons karakteristiske blanding av eventyrlyst, sjarm og humor fører ham til Peru, hvor den elskede, marmeladeelskende bjørnen begir seg ut på et spennende eventyr i jungelen, fylt med uventede vendinger og utfordringer. Når Paddington oppdager at hans elskede tante Lucy har forsvunnet fra hjemmet for pensjonerte bjørner, drar han og Brun-familien til villmarken i Peru for å lete etter henne, den eneste ledetråden til hvor hun befinner seg er et sted merket på et gåtefullt kart. Fast bestemt på å løse mysteriet, legger Paddington ut på et spennende oppdrag gjennom regnskogene i Amazonas for å finne tanten sin ... som også kan avdekke en av verdens mest legendariske skatter.